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益處

土壤原生動物對增加土壤肥力有作用，在土壤群落中以細菌特別是有害細菌為食的原生動物對改良土壤細菌群落起到了一定的作用。

利用原生動物纖毛蟲來消除有機廢物，有害細菌以及對有害物質進行絮化沉淀。

一些浮游原生動物也為魚類提供了大量飼料。

危害

據報道，至少有28種原生動物是人體寄生蟲，危害人體健康，全世界至少有四分之一人口患寄生蟲病。在我國重點防治的有五大寄生蟲病：血吸蟲病、瘧疾、黑熱病、絲蟲病、鉤蟲病，其中瘧疾和黑熱病就是分別由瘧原蟲和利什曼原蟲引起的。另外，還有錐蟲引起睡眠病、毛滴蟲病、阿米巴痢疾等都是危害較重的人體寄生蟲病。焦蟲、球蟲等危害家畜，黏孢子蟲、小瓜蟲、車輪蟲等危害魚類。